Mistra Innovation har en styrelse och två rådgivande organ – ett vetenskapligt råd och ett industriellt råd.
Det vetenskapliga rådet svarar för den vetenskapliga bedömningen, där höjd och nytänkande är viktiga kriterier.
Det industriella rådet svarar för den strategiska och affärsmässiga bedömningen, där förbättrade miljöprestanda och industriell relevans utgör fokus.
Mistra Innovations styrelse fattar beslut om finansiering med de båda rådens bedömningar som underlag.